Il paese subì però le conseguenze delle lotte fra i guelfi San Martino d’Agliè e i ghibellini, Conti di Valperga. Intorno alla metà del XIV secolo il paese fu saccheggiato per due volte. L’imperatore Carlo V, nel 1355, donò ai marchesi di Monferrato molte terre fra cui Agliè. Tuttavia continuarono violenti contrasti tra i feudatari canavesani e Agliè ne subì le conseguenze: razzie, incendi e devastazioni si susseguirono per anni. Nel 1391 arrivò, per merito dei Savoia, la pace. Nel 1448 vennero concessi gli statuti comunali i cui testi sono tutt’ora conservati nell’archivio del municipio. Con i Savoia crebbe l’influenza dei Conti di Agliè, che estesero i loro poteri su Bairo, Torre, Ozegna, parte di Pont, Salto, Rivarolo e Castelnuovo. Agliè subì le conseguenze della guerra tra Savoia e Francia, avvenuta dopo la metà del XVI secolo.
Quando, nel 1561, la pace fu ristabilita, i Conti giurarono fedeltà al Duca Emanuele Filiberto di Savoia. Personaggio centrale della storia del paese fu il Conte Filippo San Martino di Agliè, nato nel 1604 fu un colto letterato, coreografo e politico insigne. Intrapresa la carriera delle armi, nel 1630 divenne luogotenente della Compagnia delle Corazze di Vittorio Amedeo I. Quando questi morì nel 1637 essendo suo figlio Carlo Emanuele II troppo giovane per la successione, assunse la reggenza la madre Cristina di Francia, figlia di Maria dei Medici ed Enrico IV. La corte ducale si divise in due frazioni: madamisti e principisti. Filippo fu madamista e divenne ministro, consigliere personale e favorito di Cristina. Per le sue doti diplomatiche e politiche, Carlo Emanuele II riuscì a mantenere il trono. Per il sostegno dato al giovane Duca, Filippo si inimicò parecchie persone tra cui il Richelieu che lo fece arrestare nel 1640. Alla morte del cardinale, Filippo fu liberato ma abbandonò la politica ritirandosi a vita privata nel Castello di Agliè, dedicandosi al suo restauro e ampliamento tale da trasformare la residenza fortificata in sontuosa dimora patrizia. La cittadina che conta oggi una popolazione di oltre 2600 abitanti ha una posizione di notevole importanza nell’economia agraria e industriale; pregiata è la produzione di vino Erbaluce delle sue colline. Centro commerciale e turistico di buona affluenza, specie dopo le riprese televisive della fiction “Elisa di Rivombrosa”, che hanno avuto risonanza a livello nazionale.
Industrie importanti del passato sono state a partire dal 1700 il tessile con l’attività tipicamente piemontese della produzione della seta, tanto che verso la metà del 1800 il Setificio di Agliè dava lavoro a circa 400 dipendenti. Nel 1883 sorse un’altra importante industria tessile: la stamperia Blumer che diventò nel 1896 la tessitura De Angeli-Frua. Agli inizi della seconda guerra mondiale arrivò ad avere oltre 1500 dipendenti. Con la crisi del settore tessile chiuderà i battenti nel 1952. Nel 1955 i locali furono acquistati dalla Olivetti che vi impiantò un’attività meccanica di alta tecnologia. Le vicende della Olivetti e del settore elettronico hanno coinvolto pesantemente Agliè‚ riducendo drasticamente il numero degli addetti; ma sussistono ancora aziende minori dei settori meccanici e elettronici.
